Partnerji
Univerza v Ljubljani
medicinska fakulteta
Koordinator: prof. dr. Peter Veranič
Člani: prof. dr. Mateja Erdani Kreft, prof. dr. Rok Romih, dr. Polonca Ferk, doc. dr. Brane Leskošek, prof. dr. Dušan Šuput,
dr. Andrej Vovk, prof. dr. Marko Kreft, akad. prof. dr Robert Zorec
1. Biomedicinski center za mikroskopijo – BMCM
2. Center za klinično fiziologijo – CKF
3. Infrastrukturni center za ravnanje s podatki
4. Carl Zeiss referenčni center za konfokalno mikroskopijo-Center LN-MCP
5. Središče ELIXIR-SI
1. Infrastrukturni center Biomedicinski center za mikroskopijo (BMCM)
Enote ki sestavljajo BMCM: Inštitut za biofiziko (IBF MF), Inštitut za biologijo celice (IBC MF), Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo (IMI MF), Inštitut za patologijo (IP MF), Skupina za nano in biotehnološke aplikacije (IBF MF in FE)
Med osnovne metode za proučevanje bioloških procesov na celičnem nivoju sodita svetlobna in elektronska mikroskopija, ki omogočata določanje lokacije, kjer se ti procesi odvijajo. V novejšem času se metode mikroskopije zelo hitro razvijajo in na ta način nudijo nove možnosti proučevanja živih celic ter zagotavljajo sledenje posameznih molekul na celičnem nivoju oziroma natančno določanje lokacije teh molekul v znotrajceličnih strukturah. Nove metode zahtevajo vrhunsko tehnično in strokovno usposobljeno osebje ter kakovostno in dobro vzdrževano opremo. Osnovni namen Biomedicinskega centra za mikroskopijo je povezava raziskovalnih enot, ki uspešno izvajajo metode mikroskopije na bioloških materialih za nudenje znanja in opreme gostujočim raziskovalcem. Glavna oprema Biomedicinskega centra za mikroskopijo obsega presevne in vrstične elektronske mikroskope skupaj z aparaturami za izvedbo najnovejših metod imunooznačevanja celičnih molekul, negativnega kontrastiranja, kriometod, korelativne mikroskopije, metode FRIL in elektronske tomografije. Klasična svetlobna in fluorescenčna mikroskopija sodita med neobhodno potrebne metode pri vsakem molekularnoceličnobiološkem raziskovalnem delu in sta pogosto nujni tudi v diagnostiki. Njena nadgradnja je konfokalna mikroskopija in TIRF mikroskopija, ki omogočata optično rezanje fluorescenčno označenih vzorcev in kvantitativne analize v biofiziki in celični biologiji. Kombinacija svetlobne in elektronske mikroskopije, tako imenovana korelativna mikroskopija, ki smo jo uvedli kot prvi v Sloveniji, združuje prednosti svetlobne in elektronske mikroskopije, in omogoča proučevanje dinamičnih procesov v živih celicah in ločljivost blizu 1 nm. Gojenje celic in vitro in izdelava nanodelcev odpira našemu Biomedicinskemu centru za mikroskopijo odlične možnosti izvedbe trenutno najaktualnejših raziskav na področju tarčnega vnašanja zdravilnih učinkovin v rakave in s patogeni okužene celice. Dodatna prednost je tudi možnost manipulacije celic z optično pinceto in mikrofluidičnimi sistemi. Biomedicinski center za mikroskopijo zagotavlja interdisciplinarnost, ki je ključna za uspešno delo in optimalno izrabo opreme in razvoj metod.
3. Infrastrukturni center za ravnanje s podatki
Infrastrukturni center MRIC IBMI deluje v okviru MRIC UL in deloma ga financira ARRS.
Področja, na katerih MRIC IBMI nudi svoje znanje in storitve:
1. Ravnanje s podatki
Glavni namen področja ravnanja s podatki je dvig kakovosti, dostopnosti in izrabe generiranih digitalnih raziskovalnih podatkov, v skladu s pravili odprte znanosti in z načeli FAIR (iskanje, dostop/arhiviranje, izmenjava/interoperabilnost in ponovna uporaba podatkov). Za raziskovalce na UL MF in širše na področju ved o življenju organizirano nudimo svetovanje, storitve in orodja:
- Načrti za ravnanje z raziskovalnimi podatki (NRRP): v sodelovanju s Središčem ELIXIR-SI upravljamo s slovensko različico orodja DSW, ki raziskovalcem omogoča pripravo, posodabljanje in spremljanje kakovosti NRRP-jev, tako za doktorske naloge kot za evropske in druge projekte.
- Hramba podatkov, repozitorij, raziskovalni registri in podatkovne zbirke. Storitve in orodja ponujamo v sodelovanju s Središčem ELIXIR-SI na računski gruči ELIXIR-SI HPC.
- Analiza in obdelava podatkov
- Pomagamo pri drugih storitvah medicinske informatike in rešitvah v zvezi z elektronskimi zdravstvenimi zapisi ter standardi v medicinski informatiki (HL7 in OpenEHR).
- Raziskujemo in uvajamo nove rešitve na področju digitalnih uporabniških vmesnikov za rabo v različnih biomedicinskih okoljih.
2. Uvajanje spletnih učilnic v raziskovalno, pedagoško in strokovno delo na UL MF
3. Bibliometrične raziskave in analiza citiranosti
4. Osrednja računalniška in komunikacijska oprema UL MF
5. Biostatistične analize
5. Središče ELIXIR-SI
Ravnanje z raziskovalnimi podatki je ena izmed ustanovnih in ključnih dejavnosti IBMI in se izvaja znotraj podenote Središče ELIXIR-SI.
Središče ELIXIR-SI, kot del Inštituta za biostatistiko in medicinsko informatiko (IBMI) na Medicinski fakulteti UL, razpolaga z vrhunsko raziskovalno infrastrukturo in naraščajočo ekipo strokovnjakov, vključno s podatkovnimi skrbniki in podatkovnimi svetovalci, ter raziskovalcev na področjih ravnanja s podatki in bioinformatike.
Ravnanje z raziskovalnimi podatki je ključnega pomena za uresničevanje strategije odprtega dostopa, ki se hitro uveljavlja v raziskovalnih projektih in nalogah v Sloveniji in je že obvezni del evropskih projektov.
Ravnanje s podatki predstavlja bistven del raziskovalnega procesa v medicini, brez katerega obsežnejše analize postajajo skoraj nemogoče. Izboljšanje lokalnega ravnanja s podatki, rabe načrtov za ravnanje z raziskovalnimi podatki (NRRP, angleško Data Management Plans – DMP) ter vzdrževanje arhiva/repozitorija raziskovalnih podatkov v skladu s smernicami odprte znanosti in načeli FAIR na dolgi rok močno izboljša izrabo v raziskavah ustvarjenih podatkov ter kakovost in odmevnost objav.
Ekipa Središča ELIXIR-SI, ki je ena največjih na področju ravnanja s podatki v medicini, samostojno ter skupaj z zunanjimi partnerji, predvsem preko evropske mreže ELIXIR, razvija orodja in storitve za ravnanje s podatki. Vizija IBMI je izkoristiti znanje in izkušnje te ekipe za olajšanje ravnanja s podatki vsem raziskovalcem na Medicinski fakulteti UL in širše.
Naloge Ekipe Središča ELIXIR-SI vključujejo:
- Svetovanje in pomoč pri uporabi storitev za ravnanje s podatki na Medicinski fakulteti UL (za hrambo ali analizo podatkov).
- Zagotavljanje lažjega dostopa do storitev in orodij za načrtovanje, zbiranje in analiziranje podatkov za vse raziskovalce na Medicinski fakulteti UL.
- Sodelovanje pri pripravi in izdelavi načrtov za ravnanje z raziskovalnimi podatki, kar vključuje načrtovanje raziskav in pisanje projektnih prijav.
- Sodelovanje pri bioinformatskih analizah in interpretaciji rezultatov.
- Zagotavljanje enotne vstopne točke za načrtovanje obsežnejšega ali specifičnega ravnanja s podatki.
- Raziskovalno sodelovanje, ki vključuje medicinsko informatiko in bioinformatiko v okviru projektov ali drugih raziskav.
Seznam projektov/programov povezanih z EuBI/SiMBiON
biotehniška fakulteta
INFRASTRUKTURNI CENTER MIKROSKOPIJA BIOLOŠKIH vzorcev
Koordinator: prof. dr. Rok Kostanjšek
Člani:
prof. dr. Rok Kostanjšek,
doc. dr. Miloš Vittori,
doc. dr. Nada Žnidaršič
V infrastrukturnem centru »Mikroskopija bioloških vzorcev« ponujamo širok nabor tehnik za pripravo in opazovanje bioloških vzorcev od nivoja makromolekul, virusov, bakterij in enoceličarjev do rastlin in živali.
S klasično in fluorescentno stereomikroskopijo omogočamo opazovanje in analizo bioloških makrostruktur. Na nivoju celic in tkiv opazovanja in analizo izvajamo s klasičnimi svetlobno-mikroskopskimi tehnikami ter fluorescenčno mikroskopijo s sistemom za prostorsko rekonstrukcijo vzorcev. Vizualizacijo na ultrastrukturnem in molekulskem nivoju izvajamo s presevno (TEM) in vrstično (SEM) elektronsko mikroskopijo. Prostorsko analizo makroskopskih vzorcev dopolnjujemo z visokoločljivostno rentgensko tomografijo (mikro-CT). Poleg vizualizacije center ponuja tudi podporo v obliki kvantitative analize slike in strokovne interpretacije rezultatov.
Na nivoju priprave vzorcev imamo v centru razvito metodologijo in opremo za izvajanje histoloških in histokemijskih tehnik na parafinskih in zamrznjenih tkivnih rezinah, visoko-specifično lokalizacijo biomolekul in celičnih procesov pa izvajamo z molekulskimi tehnikami, kot so hibridizacija in situ, imunolokalizacija in uporaba specifičnih fluorescentnih označevalcev. Pri pripravi bioloških vzorcev za elektronsko mikroskopijo uporabljamo in razvijamo metodološke pristope, ki ohranjajo strukturne značilnosti živih celic ter sočasno omogočajo njihovo opazovanje v elektronskem snopu. Priprava bioloških vzorcev za SEM vključuje posebne tehnike sušenja in napraševanja preparatov, priprava vzorcev za TEM pa postopke za vklapljanje vzorcev, izdelavo ultratankih rezin in kriorezin, kontrastiranje in lokalizacijo celičnih struktur.
Katedra za botaniko in fiziologijo rastlin
Koordinatorka: prof. dr. Katarina Vogel-Mikuš
Člani:
prof. dr. Katarina Vogel-Mikuš,
prof. dr. Marjana Regvar,
Assoc. prof. dr. Paula Pongrac
Katedra za botaniko in fiziologijo rastlin se v okviru temeljnega raziskovalnega programa P1-0212 »Biologija rastlin« ukvarja s študijami fiziologije in ekologije rastlin z uporabo molekularnih pristopov, kot so genomika, transkriptomika, metabolomika in ionomika ter slikanjem porazdelitve elementov in biomolekul na organski, tkivni, celični in subcelični ravni.
V okviru SiMBION ponujamo:
- pripravo bioloških vzorcev (rastlinski, živalski, celice) s hitrim zamrzovanjem za slikanje porazdelitve elementov in biomolekul z sinhrotronsko mikro-XRF, mikro-PIXE, MeV SIMS, nano-SIMS in mikro-FTIR na organski, tkivni in celični ravni.
- pomoč pri prijavi projektov za pridobitev merilnih časov na mednarodnih sinhrotronskih centrih (npr. Elettra, ESRF, DESY, Alba, Diamond, Soleil)
- analizo podatkov z metodami na osnovi sinhrotronske svetlobe kot so XRF, XAS in FTIR
veterinarska fakulteta
Koordinator: prof. dr. Robert Frangež, namestnica koordinatorja prof. dr. Milka Vrecl Fazarinc
Center za mikroskopijo in analizo slike
Center za mikroskopijo in analizo slike na Veterinarski fakulteti Univerze v Ljubljani obsega več specializiranih laboratorijev, med drugim Laboratorij za fiziologijo, Laboratorij za konfokalno mikroskopijo, Laboratorij za celične kulture in Vivarij za laboratorijske živali, ki so vsi del Inštituta za predklinične vede. Center podpira raziskave na področju veterinarske medicine in drugih biomedicinskih ved. Našim raziskovalcem zagotavljamo raziskovalno opremo in tehnično strokovno znanje, ki ga potrebujejo za pridobivanje zanesljivih in ponovljivih rezultatov z uporabo mikroskopije in elektrofizioloških metod. Ponujamo tudi možnost izvajanja postopkov na laboratorijskih živalih in dela na živalskih tkivih z mikroskopskim pregledom odvzetih tkiv. Na voljo so oprema in protokoli za histološke in histokemične analize vzorcev tkiv. Tehnike svetlobne mikroskopije in konfokalne fluorescenčne mikroskopije omogočajo opazovanje in analize sprememb na nivoju celic in tkiv ter 3D rekonstrukcijo opazovanih tkivnih struktur. Na splošno je naš center namenjen podpori raziskav v veterinarski medicini in sorodnih biomedicinskih področjih, saj ponuja sodobno raziskovalno opremo in strokovno znanje za izvedbo raziskav.
Kemijski inštitut
Odsek za analizno kemijo
Člani: Dr. Samo Hočevar, Dr. Martin Šala, Dr. Johannes T. van Elteren
Raziskovalno delo na Odseku za analizno kemijo poteka v okviru temeljnega raziskovalnega programa P1-0034 “Analitika in kemijska karakterizacija materialov ter procesov” in obsega temeljne študije in razvoj analiznih orodij, senzorjev ter pristopov na treh močno prepletenih področjih:
- Elementno (bio)oslikovanje:
• Razvoj protokolov laserske ablacije sklopljene z ICP-masno spektrometrijo (LA-ICP-MS) za 2D/3D elementno (bio)oslikovanje vzorcev povezanih z okoljskimi in biomedicinskimi raziskavami ter raziskavami materialov,
• Razvoj in-situ single-particle (SP) analiznih metod v nano(bio)metalomiki, vključujoč štetje nanodelcev po velikostnih redih z LA-SP-ICP-MS.
- Elektrokemijska (bio)senzorika:
• Razvoj elektrokemijskih (mikro)senzorjev, biosenzorjev in plinskih senzorjev,
• Študije elektrodnih procesov in novih senzorskih materialov,
• Razvoj elektrokemijskih metodologij in študije njihove uporabe.
- Atmosferska kemija:
• Študije kemijskih procesov v atmosferskih aerosolih,
• Fizikalno-kemijska karakterizacija po velikostnih frakcijah ločenih atmosferskih (nano)aerosolov,
• Razvoj novih metod za karakterizacijo notranjih in zunanjih nanodelcev ter študije njihovih pretvorb.
Nudimo tudi:
• Zahtevnejše kemijske analize in študije priprave (razklopov) vzorcev za akademske in neakademske/industrijske partnerje (tudi v okviru Infrastrukturnega programa) s poudarkom na razvoju in optimizaciji analiznih metodologij za vse vrste vzorcev (okoljski, industrijski, biološki, farmacevtski, idr.) za merjenje praktično vseh elementov ter številnih anorganskih in organskih ionov,
• Izobraževanje in usposabljanje dodiplomskih in dodoktorskih študentov ter podoktorskih raziskovalcev.
Seznam projektov/programov povezanih z EuBI/SiMBiON
NACIONALNI INŠTITUT ZA BIOLOGIJO
INFRASTRUKTURNI CENTER PLANTA
Nacionalni inštitut za biologijo (NIB) je največji neodvisni javni raziskovalni inštitut za naravoslovne vede v Sloveniji, ki s temeljnimi raziskavami na področju biologije in njej sorodnih naravoslovnih ved, varstva okolja, biotehnologije ter biomedicine ustvarja novo znanje, ki ga objavlja v različnih znanstvenih publikacijah. Ustvarjeno novo znanje uvaja v prakso za potrebe državnih in lokalnih organov ter za gospodarske subjekte s ciljem izboljševanja kvalitete življenja. Poleg tega pa sodeluje tudi pri izobraževanju študentov na dodiplomskem in podiplomskem nivoju.
Vse to Nacionalnemu inštitutu za biologijo omogoča sodobna tehnološko zahtevna velika infrastrukturna oprema, za katero na NIB skrbita dva infrastrukturna centra, Infrastrukturni center Planta (IC Planta) in Infrastrukturni center Morske biološke postaje Piran (IC MBP). Velika infrastrukturna oprema je združena v pet sklopov: sklop za elektronsko, konfokalno in FTIR mikroskopijo, sklop za kvantitativne raziskave nukleinskih kislin, sklop za gojenje rastlin, tkivnih kultur in biokultur, sklop za morski opazovalni sistem in terensko delo na morju ter sklop za morsko kemijo in druge kemijske analizne aplikacije. S svojo veliko infrastrukturno opremo se infrastukturna centra NIB vključujeta v številne nacionalne in mednarodne infrastrukturne mreže. Tako je IC Planta s svojo veliko infrastrukturno opremo za mikroskopijo vključen v konzorcij SimBION.
Seznam projektov/programov povezanih z EuBI/SiMBiON
Univerzitetni klinični center maribor
Člani: Prof. dr. Samo Karel Fokter, dr. med.
UKC Maribor je javni zdravstveni zavod, ki izvaja zdravstveno dejavnost na sekundarni in terciarni ravni za širšo vzhodno regijo Slovenije, z nekaterimi subspecialističnimi dejavnostmi pa pokriva tudi potrebe jugovzhodne Slovenije in Koroške regije. UKC Maribor je s 3500 zaposlenimi, od katerih je 600 zdravnikov specialistov in specializantov, 1500 zaposlenih v zdravstveni negi in ostalo osebje ena izmed največjih zdravstvenih ustanov v Sloveniji in hkrati najpomembnejša zdravstvena institucija v severovzhodni Sloveniji. Na 1311 bolniških posteljah ležijo bolniki povprečno 7,0 dni. Delo na posameznih oddelkih je zelo intenzivno, kar dokazuje čedalje krajša ležalna doba; kjer je le mogoče, opravljajo delo v okviru dnevnih in enodnevnih bolnišnic ter v specialistični ambulantni službi, kjer na leto opravijo približno 400.000 pregledov. Ob vsem tem UKC Maribor predstavlja eno izmed največjih zdravstvenih ustanov v Sloveniji in hkrati najpomembnejšo zdravstveno institucijo v severovzhodni Sloveniji. UKC Maribor v svoji viziji stremi k izboljšavam, ki jih narekujejo svetovni trendi v medicini kot tudi širjenju na zdravstvena področja, ki jih do sedaj še nismo pokrivali v celoti.
V UKC Maribor se vršijo: Specialistična bolnišnična dejavnost, pod katero spadajo kirurška dejavnost, internistična dejavnost, ginekološka in porodniška dejavnost, dejavnost drugih samostojnih medicinskih dejavnosti in dejavnost skupnih medicinskih služb. Pod slednjo spada znanstveno-raziskovalno delo, ki pomembno vpliva na razvoj medicinske znanosti, vzgajanju novih doktorjev znanosti, vodenju in pridobivanju raziskovalnih projektov, ter ohranjanju statusa kliničnega centra.
Seznam projektov/programov povezanih z EuBI/SiMBiON
Univerza v Mariboru, Fakulteta za strojništvo
Univerzitetni center za elektronsko mikroskopijo
Člani:
red. prof. dr. Ivan ANŽEL, univ. dipl. inž. metal. in mater.
izr. prof. dr. Rebeka RUDOLF, univ. dipl. inž. str.
dr. Peter MAJERIČ, univ. dipl. inž. str.
MR Žiga Jelen, mag. pol.
Doris Golub, prof. kem. in biol.
Univerzitetni center za elektronsko mikroskopijo – UCEM je bil kot prvi infrastrukturni raziskovalni center na Univerzi v Mariboru ustanovljen s sklepom univerzitetnega senata dne 1. 8. 2005. Ustanovljen je bil z namenom združevanja znanj in izkušenj o elektronski mikroskopiji ter za čim bolj kvalitetno raziskovalno delo in čim večjo izkoriščenost velike raziskovalne opreme, ki smo jo v ta namen združili. Temeljni cilj UCEM-a je omogočiti čim večjo dostopnost do raziskovalne opreme vsem učiteljem, študentom in raziskovalcem na Univerzi v Mariboru, drugim raziskovalnim institucijam ter tudi gospodarstvu v vzhodni regiji Slovenije. Načrtovanje raziskovalnega dela je povezano s pridobljenimi raziskovalnimi projekti in programi, kjer uvajamo nove načine in metode raziskovanja.
V okviru UCEM-a sta na voljo dva elektronska mikroskopa – visokoločljivi HRSEM Sirion z mikrokemičnim EDS analizatorjem in ESEM Quanta 3D s fokusiranim snopom ionov – FIB (Focused Ion Beam), optični metalografski mikroskop in pripadajoča oprema za pripravo vzorcev za elektronsko mikroskopijo, metalografijo in mehanske preiskave (rezanje, brušenje, poliranje, jedkanje, naprševanje, itd.). Z razpoložljivimi instrumenti izvajamo preiskave površine materialov, mikrostrukture, kemične sestave, mehanskih lastnostih, identificiramo in analiziramo napake v materialih, nečistoče, ter vrsto mehanskih in toplotnih obdelav.
Seznam projektov/programov povezanih z EuBI/SiMBiON
Institut ˮJožef Stefanˮ
Institut ˮJožef Stefanˮ je največja javna raziskovalna organizacija v Sloveniji. Zaposluje blizu 1000 delavcev, od tega je slaba polovica doktorjev znanosti. Področja dela v grobem pokrivajo naslednje tematike: fiziko, kemijo, znanost o materialih, informacijsko-komunikacijske tehnologije, biokemijo in reaktorsko tehniko.
F2 - Odsek za fiziko nizkih in srednjih energij
Na Odseku za fiziko nizkih in srednjih energij (F2) izvajamo osnovne raziskave na področju jedrske in atomske fizike, poleg tega pa pridobljeno znanje uporabljamo pri reševanju interdisciplinarnih raziskovalnih problemov, kot so radiološki nadzor okolja, raziskave materialov, fuzija, biologija, shranjevanje energije, medicina, farmacija, okolja in arheometrija. Raziskave izvajamo na lastni instrumentaciji, ki obsega ionski pospeševalnik, detektorje ionizirajočega sevanja, eksperimentalne naprave za atomsko fiziko in kalibrirana sevalna polja. Poleg tega sodelavci odseka redno gostujemo na velikih eksperimentalnih napravah v tujini: pospeševalnikih, sinhrotronih, laserjih na proste elektrone in fuzijskih reaktorjih. V okviru odseka deluje Ekološki laboratorij z mobilno enoto (ELME), ki je specializirana enota Civilne zaščite.
F5 - Odsek za fiziko trdne snovi, prof. dr. Igor Serša
Dejavnost Odseka za fiziko trdne snovi je sestavljena iz raziskovalne dejavnosti na področju fizike neurejene trdne snovi, fizike mehke snovi in fizike površin, ter eksperimentalne biofizike. Del slednje je tudi Laboratorij za slikanje z magnetno resonanco, ki deluje od leta 1987, ko je bil na IJS postavljen prvi sistem za slikanje z magnetno resonanco (MR) v Sloveniji. Okoli tega se je takrat začela oblikovati skupina raziskovalcev z različnih področij znanosti: fizike, medicine, biologije, veterine, gozdarstva, ki je izrazila zanimanje za to novo metodo slikanja. Poleg tega je postavitev tega sistema tudi pomembno prispevala k hitrejši uveljavitvi metode slikanja z magnetno resonanco v klinično delo zdravnikov, predvsem radiologov. Od takrat se je tedanji 100 MHz sistem za MR slikanje bistveno posodobil, pridružil pa se mu je tudi novejši, močnejši in zmogljivejši 400 MHz sitem za MR slikanje, ki omogoča tudi MR mikroskopijo in raziskave različnih materialov. Ekipa laboratorija za MR slikanje je ohranila stike s sodelujočimi institucijami in jih še dodatno, predvsem mednarodno, razširila in poglobila.